平成２１年度税制改正において、厳しい経済状況を踏まえ、住宅投資を活性化し、景気浮揚の突破口にしようという狙いから、住宅ローン減税制度について、所得税における最大控除可能額を過去最大規模に引き上げ、中低所得者層の方への実効的な負担軽減となるよう、所得税から控除しきれなかった額を個人住民税で税額控除することとされました。
　つまり、前年分の所得税において控除しきれなかった金額がある場合は、翌年度の個人住民税で控除されます。

　平成２１年度から平成２５年度までの間に居住し、所得税の住宅ローン（住宅借入金等特別控除）を受けた方で、所得税において控除しきれなかった金額がある場合は、翌年度の個人住民税において住宅ローン控除が適用されます。
　個人住民税の住宅ローン控除の適用に当たって、市区町村への申告は不要です。
なお、税源移譲の経過措置として住宅ローン控除（平成１１年から平成１８年までの間に入居した方）を受けていた方についても同様に申告は不要になりました。
ただし、申告の必要がある場合には、これまでと同様に申告していただき、控除の適用を受けることができます。
　これは、退職所得・山林所得を有する方、所得税において平均課税の適用を受けている方（平成１１年から平成１８年までの間に入居した方）については、新たな住宅ローン控除と税源移譲の経過措置としての住宅ローン控除とで、控除される金額が異なる場合があるためです。
　申告をされる場合には、毎年３月１５日までに、住所地の市区町村へ申告書を提出する必要があります。

住民税の住宅借入金等特別税額控除申告書の提出方法は下記のとおりです。

源泉徴収票を添付して、1月1日現在お住まいの市区町村へ申告書を提出してください。
※　個人住民税住宅ローン控除申告書作成ツール（Excel）
・　給与収入のみを有しており確定申告書を提出しない納税者用
このツールを使用すると、住宅借入金等特別税額控除申告書（市区町村提出用、税務署確認用、本人控の計３枚）が作成できます。

所得税の確定申告書とともに、所轄の税務署へ申告書を提出してください。
※　個人住民税住宅ローン控除申告書作成ツール（Excel）
・　確定申告書Ａを提出する納税者用
・　確定申告書Ｂを提出する納税者用
このツールを使用すると、住宅借入金等特別税額控除申告書（市区町村提出用、税務署確認用、本人控の計３枚）が作成できます。

住宅借入金等特別税額控除（住宅ローン控除）・税源移譲時の年度間の所得の変動に係る経過措置について（総務省）
※期限までに申告されなかった場合は、自動的に申告を不要とする新たな住宅ローン控除の適用を受けることになります。